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“十五”期间，863计划在生物和现代农业技术领域设立了四个主题，其中关于畜牧养殖的内容有:生物工程技术主题：旨在利用现代生物技术，开展生物技术新药、环保微生物产品等的研究和开发，探索生物技术发展的新思路和新方法，不断提高我国生物技术的研究开发水平，促进我国生物技术产业的发展。2001年，该主题在动物生物技术、农业重组微生物制剂和新型生物技术药物与疫苗研究、疾病与药物筛选动物模型、生物工程产品过程优化技术和生物安全分析与评价标准研究等13个专题方向，安排了第一批课题171项。基因操作技术主题：建立和完善我国规模化和高效率的功能基因研究开发体系，利用我国丰富的遗传资源，开展人类、重要动植物以及病原和特殊功能微生物的功能基因研究与开发应用，获得具有我国自主知识产权、功能明确和有应用前景的重要基因。
生物信息技术主题：该主题的设置旨在实现生命科学和信息科学的结合，提高基因组、蛋白质组的生物信息分析、处理、利用水平，解析蛋白质的三维结构和功能，发现新的药物作用靶点，为我国功能基因组的研究和源头创新、药物基因组学的发展奠定基础。2001年，该主题在生物信息的获取与开发、生物信息加工和利用、结构基因组和蛋白质组学研究、高通量药物筛选及相关技术、小分子药物设计和分子设计、生物芯片和化学创新药物与新剂型7个专题方向，安排了第一批课题36项。现代农业技术主题：“十五”期间，863计划增设了现代农业技术主题。该主题的设置旨在突破一批对我国农业发展和农业高技术产业开发带动性强、覆盖面广、关联度高的核心技术、共性技术和配套技术，重点开发一批农业高科技产品，获得一批国内外专利，建设一批农业高科技中试与产业化示范基地，形成一批新兴农业科技产业和新的经济增长点，培育一批农业高科技企业，大幅度提升我国农业高技术研究和开发水平，力争5年内初步建立我国农业高科技创新体系。2001年，该主题在农作物高效育种技术及优质、高产、多抗、专用新品种培育、现代节水农业技术与新产品、优质高效特色畜禽、水产（淡水）新品种选育、扩繁及现代养殖关键技术、优质高抗专用林草新品种选育技术、现代农业信息技术与精准农业、农产品安全生产与检测技术、可控环境农业生产技术、农业相关食品新型制造技术及产品开发、动植物无特定疫害生产关键技术和木基复合材料先进制造技术10个专题方向，安排了第一批课题共81项。
我国是世界第一水产养殖大国，健康养殖的研究也已起步。这主要是由于近几年淡水鱼类、海养虾类、贝类等的暴发性死亡的出现，使人们开始认识到健康养殖技术的必要性。我国淡水鱼类养殖中的综合养殖技术，包含了许多健康养殖的内容。近几年在基础理论方面的研究逐步深入，例如，中国水产科学研究院淡水渔业研究中心在池塘动力学和微生物生态学方面进行了长期的研究，在光合细菌等有益微生物的研究，以及养殖系统内部的水质调控和病害防治等方面都取得了较好的结果。中国水产科学研究院淡水渔业研究中心和中科院南京地理湖泊研究所对湖泊中不同养殖方式对水体环境的影响及可持续发展技术、模式进行了广泛的研究。农业部重点开放实验室、上海水产大学李思发教授长期以来一直从事鱼类种质遗传改良、健康亲本、苗种的选育工作，并取得了丰硕的成果。如他选育出的“浦江一号”，初步估计无形资产达10亿元。在我国的海水养殖业中，近几年也已经提倡实施健康养殖管理并发展了一些相应的技术，特别是疾病预防体系的建立及诊断技术的开发。水产药物使用与开发逐步走向规范化，海水养殖品种的育种问题已引起人们重视。养殖容纳量的研究以及生态养殖的开发均有一些初步成果。鱼虾类病害防治研究也取得了一定的进展。我国目前在水产健康养殖研究的深度和广度非常不够。
4、我国动物健康养殖与国外发展的差距
4.1基础设施、设备差距
我国畜牧养殖业尤其是工厂化养殖过程所用的设施条件还不够完善，机械化、自动化程度不够高。而国外的先进工厂化养殖如微机控制技术，一切环境监测管理和饲料、饮水、药物投喂均为自动化。
4.2养殖技术差距
目前我国畜牧养殖技术普遍落后，国外大多采用转化效率高的人工优质配合饲料，不易传染疫病，饲料供应来源稳定，受自然因素影响的程度低。
4.3管理差距
我国畜牧产业管理落后，表现于病害比较严重，养殖环境自家污染程度高。管理方面落后于国外发达国家的原因主要是：（1）对养殖品种的养殖生物学、生态学的基础理论研究薄弱，盲目追求高产；（2）环境控制手段落后，动物药品使用混乱，某些兽用药物残留问题严重，疫苗开发落后；（3）饲料技术在畜牧养殖中，大多数养殖品种的营养及饲料研究薄弱；（4）畜牧养殖健康管理急待认识和普及。
4.4意识差距
国外发达国家的畜牧产业把动物养殖与环境保护紧密结合起来，注重人类生存环境与畜牧养殖的协调，早已形成健康养殖意识，并且在这方面的研究工作起步也很早。而我国的畜牧产业普遍还处于粗放型养殖状态，养殖户的素质普遍还比较低，不注重养殖技术的提高，并且环保意识不够，健康养殖的概念根本得不到体现，而一味地蛮干。
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