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猪规模化养殖环境控制研究：课题开展了规模化养殖环境控制及粪污处理技术研究。湖北示范区利用CAD技术，设计了猪场“清洁生产”工艺，已经完成了三套设备的组装并部分投入试运行。四川示范区设计了成本低并合理资源的二次燃烧猪舍秸杆采暖炉，同时研究设计了新型猪舍喷雾降温器，筛选除了猪舍空气脱臭剂。湖北示范区开展了利用生物工程技术，处理猪粪等废弃物，生产新型高效有机肥的研究，并实现了“好氧堆肥温度-时间联合控制系统”软件自动控制。四川示范区研究设计了“除渣-酸化-厌氧-氧化塘”粪污处理工艺流程，并已在两个大型规模化猪场进行示范，产生了较好的生态效益和经济效益。规模化猪场疫病控制技术研究：课题组针对规模化猪场危害严重的疾病，采取了一系列针对性的研究措施。建立并完善了检测伪狂犬病病毒核酸的PCR诊断方法。进一步完善了检测猪瘟抗体水平的ELISA方法。开展了细菌耐药性研究，应用分子生物学技术，对大肠杆菌进行了深入研究。申报了伪狂犬病2套诊断试剂盒的农业转基因生物安全评价和猪细小病毒乳效凝集试验诊断试剂盒的新兽药证书。研究取得的成果已在各个示范区进行示范应用，如四川示范区进行示范的规模化猪场各种疫病总体死亡率控制在8%以下，常用抗菌素用药成本降低20%以上。技术组装与产业化研究示范：在课题研究中，各示范区采用边研究、边示范、边推广的方式，及时将课题取得的成果应用于生产。三个示范区分别建立了网络服务体系，实现了远程咨询服务。
四川瘦肉型猪规模化养殖及产业化技术研究与开发项目取得了一系列的关键技术突破：
(1)结合我国养猪生产实际，将氟烷基因型PCRRFLP检测技术应用于种猪测定，并成功地研究建立起种猪生长发育测定与氟烷基因型DNA检测生物技术相结合，场内测定与中心测定相结合，种猪测定与种猪公开拍卖相结合，种猪测定与各育种场良种登记制度相结合的一整套技术规程和测定制度。能准确检测出含应激反应的有害基因型个体，充分反映种猪的生产性能和遗传潜力，有力地促进了我省种猪场和规模化试验场种猪质量的提高，为国内其他省区的种猪性能测定站提供了有实用价值的技术。
(2)研制出在常温条件下精液保存期达6天、精子活力达0.5级以上的最佳新配方，受胎率87.9%。与省内目前应用最广的EDTA稀释液相比，保存期延长3天。
(3)饲料养份生物效价测定研究，取得突破性进展，提高了饲料利用价值，减少氮、磷对环境的污染。用可消化氨基酸取代总氨基酸，提出了饲料可消化氨基酸需要标准及配套的饲料可消化氨基酸参数。使饲料氨基酸的利用从80%提高到90%。用中、酸性洗涤纤维等饲料成分预测饲料的消化能(DE)，预测的准确性优于NRC(1998)推荐的预测模型。NRC预测模型的Ｒ2为0.87-0.91，而本试验相应为0.95-0.99。用植酸酶预测饲料有效磷，使有效磷的预测准确性提高5%～20%。
(4)研制出种猪产肉性能评估软件。论文在1998年澳大利亚召开的“第六届世界遗传学应用于动物生产大会”上发表，其评估软件由农业部举办培训班，在全国25个重点种猪推广，应用效果良好。目前，通过电脑信息网络收到国内5省12个种猪场共5178头场内种猪测定资料，达100ｋｇ体重的背膘厚和日龄，遗传上平均每年分别减少0.3ｍｍ和 1天。成为我国应用最广、进展最明显的种猪选育软件。
(5)控制严重危害规模猪场的喘气病研究取得新进展。研究提出首免用弱毒活苗，二免用灭活苗预防猪喘气病的免疫方法，240天的免疫保护率达91.7%，比常规免疫法提高16.5%～25%；使用这一新的免疫方法，在猪场配合监测、隔离、治疗、淘汰等综合防治技术，使发病率控制在2%以下。
(6)确定了四川规模化猪场大肠杆菌主要流行血清型；研究建立了不同血清型大肠杆菌的质粒DNA、染色体DNA的结构图谱，为建立分子水平检测方法及研制DNA疫苗打下新的基础。
(7)建立了规模化猪场与酒精厂生产废物循环利用的模式。酒糟加入添加剂预混料喂猪，猪粪尿及工厂废液入沼气池，沼气送锅炉燃烧供生产用，酿酒余热水循环到猪舍保暖。该场可日产沼气2万ｍ3，相当于每天节约 1 5吨煤。沼液处理后作农灌。
四川农业大学王红宁教授主持的四川省“十五”畜牧科技重点研究项目“畜、禽规模化养殖主要病原菌耐药谱系调查及针对性疫苗研制”课题已取得多项阶段性研究成果。从规模化养殖场分离获得了300多株致病性大肠杆菌和沙门氏菌，进行了血清型、质粒DNA指纹图谱和对16种常用抗菌药物敏感性分析，为规模化猪、鸡场提供了科学的用药指南，节约用药成本20%-30%。现已开发出畜禽用新型复方抗菌剂三种，用于治疗畜禽大肠杆菌病、沙门氏菌病、巴氏杆菌病、鸭疫里杆菌病、葡萄球菌病等，具有高效、低残的特点，保证了食品安全。研制出畜禽针对性疫苗，包括猪的4种：仔猪大肠杆菌多价灭活疫苗、仔猪副伤寒沙门氏菌-大肠杆菌灭活疫苗、仔猪副伤寒沙门氏菌-猪水肿病大肠杆菌灭活疫苗和猪肺疫巴氏杆菌A-B灭活苗；禽的5种：鸡大肠杆菌多价灭活苗、鸡白痢沙门氏菌多价灭活苗、禽霍乱巴氏杆菌多价灭活苗、鸡葡萄球菌多价灭活苗、鸡副嗜血杆菌多价灭活苗。
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