中国三株非洲猪瘟病毒和PoL/2017株与GA/2007株的基因组序列比较。 (A)ORFs的核苷酸插入。 (B)非编码区的核苷酸插入。 (C)ORFs的核苷酸缺失。 (D)非编码区的核苷酸缺失。 (E)ORFs的核苷酸突变。 (F)非编码区的核苷酸突变。 ORFs的名称显示在每个图的顶部。 图顶部的数字表示相对基因组的位置。 DB/HLJ/2018的11个ORFs被测序,在A、C和E面板分别显示这些ORFs上的插入、缺失和突变。 更令人惊奇的是,ASFV-SY18株除了10 bp长的TRS外并未表现出以上任何的插入和缺失。对此的一种可能解释是,中国的猪群中可能引入了不同的ASFV; 另一种解释可能是由于使用的测序方法,ASFV-SY18的基因组未被正确编译。 2、由每个ORF编码的蛋白质构成的分子进化树 当几个ORFs具有相似的树时,仅显示一棵树,但是ORF的所有名称都显示在树的顶部。 序列编码显示在第一棵树的括号中。 图A-F中所示的五种病毒在树中加下划线红字标出。 本研究对中国分离的3种病毒的ORFs与公共数据库中10种其它ASFV II型基因型的ORFs进行了分子进化分析,发现病毒中有12个ORFs形成不同的分支:在进化树中GA/2007株和ASFV-SY18株在同一分支,而Pig/HLJ/2018株和DB/LN/2018株处于另外的分支。值得注意的是,2014年和2017年在欧洲国家分离的病毒大部分都与Pig/HLJ/2018株和DB/LN/2018株处于同一分支。 自2007年格鲁吉亚发现非洲猪瘟病毒后,II型基因型不断进化。本研究表明,核苷酸插入和缺失频繁出现在非洲猪瘟病毒中,甚至一些基因组的变化改变了ORFs。分子进化分析表明,早在2014年欧洲的非洲猪瘟病毒中一些ORFs已经发生了改变。本研究分离出来的毒株大部分ORF的变化在2015年和2017年波兰分离株中出现。这些ORFs的改变对非洲猪瘟病毒的影响还有待研究。 3、为防止非洲猪瘟病毒进一步爆发,对猪饲料的检测至关重要 从屠猪场收集的猪血是猪和其它动物饲料的蛋白重要来源。为调查含猪血的饲料是否被非洲猪瘟病毒污染,收集辽宁省黑山县某公司生产的20份干猪血和1份从黑龙江省收集的河北公司生产的含猪血的饲料添加剂用Q-PCR进行基因组检测,结果显示样品均为非洲猪瘟病毒阳性。 本研究从中国猪病料和干猪血饲料样品分离鉴定出两株病毒并进行了基因组分析。部分序列分析表明从黑龙江省佳木斯市采集的含猪血的饲料添加剂被类似的非洲猪瘟病毒毒株污染。本研究从猪病料理分离到了一株活毒,并证明在猪群里具有高致死性和传染性(文中未展出数据)。 尽管本研究并未在所检测的干猪血饲料中分离到活毒,但并不意味着目前在中国流通的所有含猪血的饲料中非洲猪瘟病毒失活,这有可能是目前非洲猪瘟病毒传播的途径之一。因此,为防止非洲猪瘟病毒进一步爆发,对猪饲料的检测至关重要。 |
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