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3.2 育种模式问题
我国家禽育种在起步阶段以科研教学单位为主，导致市场导向不明、育种方式落后、育种设施与条件差，生产水平低，采用传统方法选种多，一些自动化程度高、测定准确的性状量化测定设备设施少，育种目标过多集中在羽色等外貌性状，而对繁殖、饲料转化效率以及抗病等重要经济性状重视不够或遗传进展缓慢。育种公司小而分散，相关品种之间差异小，重复性工作多，社会资源浪费严重，这些因素导致我国有经济及技术实力参与国际竞争的家禽育种企业寥寥无几。但可喜的是，我国家禽种业企业近年来发展迅速，行业集中度在不断提高，商业育种的实力在迅速增强。
3.3 家禽种业科技研发能力及投入不足，研究与育种应用脱节
前些年家禽种业对科技创新投入严重不足、资金支持力度小，整体上没有真正建立起以企业为主体和载体的科技创新模式。我国家禽种业科技理论研究与育种实践脱节现象仍较严重。由于最近十年来我国科研体系是以追求SCI文章为主的导向体系，使大学、科研院所大部分研究精力放在了以功能基因组研究为主的基础研究，但是真正找到具有育种价值的功能基因很少，而育种生产亟需的准确、快速性能测定技术却鲜有研究，育种企业限于技术力量限制，形成了育种手段主观判断多、定量测定少、育种效率低的局面。关键环节技术创新和积累的不足使得产业链发展不健全。
3.4 育种企业人才队伍建设不足
育种公司要建立由育种专业硕、博士人员组成的人才队伍，但育种一线普遍缺乏高水平技术人才；应建立多种灵活的人才聘用策略，建立与高校科研院所的人才聘用机制。通过产学研密切合作推动技术的进步，加强育种实用技术的研发和应用。
4、家禽自主育种的战略机遇
4.1 政府重视种业发展
农业部《全国蛋鸡遗传改良计划（2012-2020）》和《全国肉鸡遗传改良计划（2014-2025）》的发布，表现出政府对蛋鸡和肉鸡自主育种的重视。其以科学发展观为指导，以提高国产品种质量和市场占有率为主攻方向，坚持走“以企业为主体”的商业化育种道路，推进“产、学、研、推”育种协作机制创新，整合和利用产业资源，健全完善以核心育种场为龙头的包括良种选育、扩繁推广和育种技术支撑在内的良种繁育体系，合理有序地开发地方鸡种资源，加强育种技术研发，全面提升我国蛋鸡和肉鸡种业发展水平，促进产业可持续健康发展；遴选国内优秀的种禽企业成为国家级核心育种场，负责新品种培育与已有品种的选育提高，对核心育种场的政策扶持也在逐年增加。
4.2 产品需求多元化
我国对畜禽产品有着多元化的需求，以鸡蛋为例，美国鸡蛋95%为白色，5%为褐色，所以蛋鸡育种主要以白色为主，褐色为辅。而我国市场中58%为褐壳鸡蛋，40%为粉壳鸡蛋，并且粉壳鸡蛋中又分普通蛋（>58 g, 30%）和小蛋（40~55 g, 10%），由此可以看出，我国自主育种的优势就是了解并满足本国人民的喜好。针对国内消费者对鸡肉口感、品质的需求，我国推出了生长速度偏慢但肉质优良的黄羽肉鸡配套系；农大3号蛋鸡引入矮小型基因，以节粮和优质蛋品为特色，非常适合国内的生产条件和市场需求；北京华都峪口禽业有限公司推出京红京粉系列，分别产褐壳蛋和粉壳蛋，大午农牧集团推出金风系列，鸡羽毛为红色但产粉色鸡蛋，均非常符合国内市场需求。
4.3 生产管理的信息化
物联网信息系统在国内大型种鸡企业受到广泛应用，以科技化的装备实现鸡舍环境的精准采集和管理，实现农业的科学化监测以及控制。例如，通过鸡舍环境数据感知设备（空气温湿度探测、二氧化碳浓度探测、无线风速传感、氨气探测器、烟雾传感，烟雾报警器等）和环境感知系统采集数据，通过对数据的分析实现自动控制风机、湿帘等设备运行，以保持鸡舍内温度、通风最适宜，有害气体浓度最低。这种管理模式下可以最大程度的减少疾病传播风险，利于种鸡生长。
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