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第四十六条第一款中的“需要暂停生产、经营和使用的，由国务院兽医行政管理部门或者省、自治区、直辖市人民政府兽医行政管理部门按照权限作出决定”修改为“需要暂停生产的，由国务院兽医行政管理部门或者省、自治区、直辖市人民政府兽医行政管理部门按照权限作出决定；需要暂停经营、使用的，由县级以上人民政府兽医行政管理部门按照权限作出决定”。
第五十一条修改为：“兽药生产企业、经营企业停止生产、经营超过6个月或者关闭的，由发证机关责令其交回兽药生产许可证、兽药经营许可证。”
第七十条第一款中的“原发证、批准部门”修改为“发证、批准部门”。
意义：下放兽药生产许可证核发行政许可事项。落实国务院商事制度改革（证照分离管理）。解决地方人民政府兽医行政管理部门执法（吊销许可证）依据问题。
3月
3月1日，《食用农产品市场销售质量安全监督管理办法》开始施行。
4月
4月8日，农业部发布《兽药非临床研究与临床试验质量管理规范监督检查办法》（农业部公告第2387号），本办法自发布之日起施行。
意义：加强《兽药非临床研究质量管理规范》（简称兽药GLP）和《兽药临床试验质量管理规范》（简称兽药GCP）监督检查工作，以提升兽药研究试验数据的科学性和准确性，确保兽药质量安全。
2016年4月22日，农业部发布《关于促进兽药产业健康发展的指导意见》（农医发〔2016〕15号）。
力争到2020年实现以下目标：
产业结构进一步优化。中型以上兽药生产企业达到70%以上，产能利用率提高10个百分点以上，产业小散乱局面有效扭转，集中度进一步提升，形成若干具有自主知识产权、品牌名优、竞争力强的大型兽药生产企业，力争兽药产业生产产值达到550亿元，实现产业质量和效益同步提升。
兽药质量进一步提高。兽药质量抽检合格率稳定保持在95%以上，畜禽产品兽药残留检测合格率超过97%，兽药生产经营行为进一步规范，生产经营主体的守法意识进一步增强，兽药质量安全水平稳步提高。
产品种类进一步丰富。畜禽、宠物、蜂蚕以及水产养殖用兽药产品不断丰富，新制剂和现代中兽药制剂开发等取得重大进展，基本形成门类较为齐全、品种相对多样、技术较为先进、产品相对丰富的兽药生产格局。
兽药监管体系进一步完善。兽药管理政策和法规体系进一步健全，标准规范更加科学完善，行业监督管理更加有效，促进产业持续健康发展的政策、法规、标准体系和市场环境更加优化。
技术支撑和科技创新能力进一步提升。兽药注册审评技术规范更加完善，技术支撑体系更加健全，兽药、兽药残留及耐药性检测能力大幅提高。产业技术研发创新体制机制更加完善，企业创新能力明显增强，兽药科技总体水平得到较大提升。
意义：改革创新兽药评审制度。多种措施鼓励企业发展。明确推进宠物用等兽药入市的规定。支持兽药技术创新和研发创新。
2016年4月29日，农业部办公厅印发《兽药产品批准文号现场核查申请单》等7个配套文件（农办医〔2016〕27号）：
1.兽药产品批准文号现场核查申请单
2.兽药产品批准文号现场核查报告
3.兽药产品批准文号现场核查要点
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