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在出现积极变化的同时，畜牧业发展也面临着许多重大考验，最突出的是两“忧”：其一是环保风暴对我国畜牧养殖业的影响非常深远。随着环保门槛提高，禁养区划定全面展开，出现了养殖场户退出多、进入难，禁养多、转移难的局面。一些地方出现了简单化禁养限养的倾向，甚至提出打造无猪县、无猪乡的目标，老的养殖场不让养，新的养殖场不让建。养殖业富民不富县，环保和防疫责任重，地方政府发展畜牧业的积极性下降。此轮猪周期价格维持高位长达20个月以上，母猪存栏依旧处于低位，而且还在下降，产能恢复乏力，一个重要原因就是非市场因素即行政禁养的介入。其二是畜产品进口对国内产业的冲击日益加大。2016年1-11月份猪肉进口已经超过150万吨，同比增长一倍多，创历史新高。猪肉进口量将占国内产量的1/40以上，相当于中等省份2000多万头的生猪饲养量。同期乳制品进口180.5万吨，同比增加24.6%。进口乳制品折合生鲜乳占到国内产量的1/3，国内奶类新增消费市场被进口乳品占据。苜蓿草的进口增加也比较快，进口量基本相当于国内优质苜蓿的年产量。进口连年增加，对畜牧业生产是重大挑战，提高国内畜禽产品竞争力势在必行，时间紧迫。
2017年是全面落实“十三五”规划的关键一年，也是推进结构调整、转型升级的关键一年。要深刻领会“创新、协调、绿色、开放、共享”新发展理念，深入贯彻落实中央经济工作会议、中央农村工作会议、全国农业工作会议精神，协调推进保供给、保安全、保生态各项工作，推动畜牧业转型升级，加快建设现代畜牧业。
一是加快推进畜牧业供给侧结构性改革。推进畜牧业供给侧结构性改革，是适应消费升级、保障畜产品有效供给的必然要求，是破解“猪周期”等畜产品供需结构失衡的必然选择，是提高畜禽养殖效益和竞争力的必由之路。要以粮改饲为抓手调优种养结构，继续扩大试点面积，加快形成粮草兼顾、农牧结合、种养一体的新型农牧业发展格局；要以稳生猪、兴奶业、促牛羊为主线调优品种结构，加快发展草食畜牧业，大力推进奶业振兴；要以南方水网地区生猪产能转移为重点调优区域布局，部署落实《全国生猪生产发展规划（2016-2020年）》的具体措施，引导生猪生产向潜力增长区有序转移。
二是持续推进畜牧业规模化、集约化转型升级。要组织实施奶牛、肉牛肉羊标准化规模养殖场（小区）建设和畜禽标准化生产扶持项目，支持符合条件的畜禽规模养殖场开展标准化改造，深入开展畜禽标准化示范创建活动。2017年，在原有4179家国家级示范场的基础上，再创建500家示范场，引导国家、省、市、县四级示范场联动创建。继续提高饲料产业集中度，树立一批管理规范、产品安全、声誉良好的标杆企业，切实落实质量安全主体责任，将部级示范企业数量扩大至200家。继续实施振兴奶业苜蓿发展行动，加大奶牛养殖小区牧场化改造力度，引导建设数字化、信息化智慧牧场，提高生产效率。
三是大力推进畜牧业绿色发展。全面贯彻落实习近平总书记重要讲话精神，抓好畜禽粪污处理和资源化利用。坚持政府支持、企业主体、市场化运作的方针，着力构建产业发展新机制，深入开展畜牧业绿色发展示范县创建。加强资金整合，支持规模养殖场配套建设节水、清粪、有机肥生产加工等设施设备，重点支持一批以农村能源和农用有机肥为主要使用方向的畜禽粪污处理试点项目。持续加强草原生态保护建设，实施好新一轮草原生态保护补助奖励政策，推动建立草原生态保护建设的长效机制。
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