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二是生态系统质量和服务功能低。低质量生态系统分布广，森林、灌丛、草地生态系统质量为低差等级的面积比例分别高达43.7%、60.3%、68.2%。全国土壤侵蚀、土地沙化等问题突出，城镇地区生态产品供给不足，绿地面积小而散，水系人工化严重，生态系统缓解城市热岛效应、净化空气的作用十分有限。
三是生物多样性加速下降的总体趋势尚未得到有效遏制。资源过度利用、工程建设以及气候变化影响物种生存和生物资源可持续利用。我国高等植物的受威胁比例达11%，特有高等植物受威胁比例高达65.4%，脊椎动物受威胁比例达21.4%;遗传资源丧失和流失严重，60%-70%的野生稻分布点已经消失;外来入侵物种危害严重，常年大面积发生危害的超过100种。
同时，环保部门在履行指导、协调、监督生态保护工作职责时，还存在以下体制机制和管理上的突出问题：
一是统一监管的管理体制不健全。目前仍按生态要素分别设置生态保护管理机构，难以对生态系统实施整体性保护。由于权责一致的统一管理体制和协调联动机制尚未建立，未能实现所有者和监管者分离以及一件事情由一个部门负责，直接影响生态保护效果。
二是全社会共同监督的机制尚未建立。部分地方领导干部保护生态环境的意识较为薄弱，还未牢固树立尊重自然、顺应自然、保护自然的理念。社会公众参与生态保护和监管的机制有待健全，企业生态保护和监管责任还不明确，部分地方环保部门履行生态监管职能时只能单打独斗、被动应对。
三是监督管理的基础能力薄弱。尚未建立统一的生态监测监控网络，难以准确监测我国重要生态区域生态状况，不能及时主动发现重大生态破坏行为。大部分县级环保部门没有设置独立的生态保护科室，难以开展常态化监管。市县环保部门生态保护人员队伍和装备严重不足，导致执法力量薄弱。生态保护科技支撑不够，生态大数据集成应用尚待发挥作用，生态保护法律法规和标准体系尚需完善。
(三)机遇与挑战
“十三五”期间，我国生态保护面临重大机遇：一是党的十八大以来，习近平总书记对建设生态文明和加强环境保护提出一系列新理念新思想新战略，为生态保护提供了科学理论指导和行动指南。二是党中央、国务院对生态文明建设作出一系列重大战略决策和部署，把推动绿色发展、提供更多优质生态产品作为重要任务，明确要求加大生态环境保护力度，为生态保护工作指明方向。三是生态文明体制改革各项任务和措施陆续出台并加快推进，生态保护和监管体制将进一步理顺，生态空间用途管制将全面实施，生态环境监测网络将加快建立，生态统一监管能力将明显提高，为我国生态保护工作夯实基础。四是各地生态环境保护意识不断增强，“绿水青山就是金山银山”已成为各级党政领导干部的共识，全社会保护生态环境的合力正在形成。
同时，我国生态保护也面临挑战：一是经济发展与生态保护之间的矛盾依然存在，传统发展方式带来的资源环境约束日益趋紧，生态环境风险逐步凸显。二是人民群众对优质生态产品需求不断增加与现有供给能力不足之间的矛盾日益明显。三是生物多样性丧失速度短期内难以根本遏制，国际履约压力不断加大。
二、指导思想和主要目标
(一)指导思想
全面贯彻落实党中央、国务院关于生态文明建设总体部署和要求，深入贯彻习近平总书记系列重要讲话精神，牢固树立和贯彻落实创新、协调、绿色、开放、共享的发展理念，按照山水林田湖系统保护的要求，以改善环境质量为核心，以维护国家生态安全为目标，以保障生态空间、提升生态质量、改善生态功能为主线，大力推进生态文明建设，强化生态监管，完善制度体系，推动补齐生态产品供给不足短板，为全面建成小康社会、建设美丽中国做出更大贡献。
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