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1、 多病原混合感染并继发感染，使病原体多元化，症状复杂化
多病原混合感染并继发感染已成为当前猪群发生疫病流行的主要形式与特点，单一病原引发的疫病很少见，二种或二种以上病原，甚至多种病原共同引发已为常见。其病原有病毒、细菌，还有寄生虫等。2007年陈涛等对河南省周口地区牧业小区和3个规模猪场进行猪高热病调查，检出猪瘟阳性率为70%，兰耳病为80%，多杀性巴氏杆菌为30%，副猪嗜血杆菌为50%，传染性胸膜肺炎放线杆菌为50%，猪链球菌为20%等。
当前在临床上常见蓝耳病与猪瘟，蓝耳病与圆环病毒，蓝耳病与猪流感，猪瘟与圆环病毒，猪瘟与伪狂犬病，蓝耳病与伪狂犬病，猪瘟与蓝耳病和弓形虫病，蓝耳病与附红细胞体病，猪瘟与附红细胞体病等混合感染，同时常继发感染副猪嗜血杆菌病，链球菌病，猪肺疫，传胸，大肠杆菌病，喘气病、附红细胞体病等，呈现为病原体多元化，临床症状复杂化，给诊断与防控带来困难。据杨汉春教授报道：在猪疫病检疫中发现蓝耳病加圆环病毒占54.4％、蓝耳病加伪狂犬病占10.5％、圆环病毒加伪狂犬病占14％、蓝耳病加圆环病毒加伪狂犬病占10.5％。
2 、免疫抑制性疫病在猪群中广泛存在，危害甚大
蓝耳病、圆环病毒2型感染、伪狂犬病、细小病毒病、猪瘟、猪流感、喘气病、传染性胸膜肺炎、沙门氏菌病、弓形体病等，均为免疫抑制性疫病。免疫抑制性疫病的病原作用于猪体的免疫器官与免疫细胞，损伤免疫系统的功能，造成细胞免疫与体液免疫抑制，导致机体免疫应答功能紊乱，致使猪体对各种病原体高度易感，易引发多种疫病的发生。这是当前猪群中最为严重的一类疾病，应重点防控。
3、很多病原体在猪群中持续性感染长期存在，很难根除
很多免疫抑制性病毒在猪群中持续性感染，使猪体长期带毒。在流行病学上以持续性感染、垂直传播与水平传播为特点；在临床上以免疫抑制、双重感染与多重感染为特征，导致了疫病的长期、持续的存在，难于根除。
比如蓝耳病病毒在猪群中的感染率达到85%以上（母猪与后备母猪为92％），由于该病毒具有持续性感染的特点，因此，隐性感染、潜伏期感染的种猪长期带毒，带毒母猪妊娠后病毒可经胎盘传给胎儿，其产下的仔猪可带毒86天，并向外排毒。种公猪带毒可经精液传播，也可经水平传播，能引起健康猪发病。
有报道称，很多猪场猪群中猪瘟病毒的感染率约为30％，均匀感染率为12.17％，最高的达50％。感染猪瘟病毒的种母猪（可带毒752天以上），不表现明显的症状，妊娠后可将病毒经胎盘传给胎儿，引起繁殖障碍，产下的活仔带毒，能存活6―11个月，并向外排毒，这些仔猪对猪瘟疫苗接种不出现免疫应答，产生免疫耐受。同时带毒猪只还可经水平传播给健康猪群，这样，由于垂直传播与水平传播同在一个猪群或一个猪舍内反复、交替的进行，形成了猪瘟感染的恶性循环链，造成猪瘟在猪群中持续性感染的长期存在。
4、病原体不断发生变异，变异后毒力增强，致病力增高
在疫病流行过程中，由于病原体受到外界环境变换、高度免疫接种以及滥用抗生素等因素的影响，使某些病原体的毒力发生改变，有的毒力变强，有的毒力变弱，出现新的变异毒株和新的血清型。比如蓝耳病变异毒株引起高致病性蓝耳病以及圆环病毒变异毒株的出现，多杀性巴氏杆菌A型和D型血清型的出现（B型减少）等造成猪病发生时出现高发病率与高死亡率。比如高致病性蓝耳病可引起仔猪发病率达40％-80％、育肥猪为30%，死亡率为30％-80％；母猪流产率高达50％左右，死亡率为10％-30％。
5、细菌继发性感染越来越严重，是导致疫病高发病率与高死亡率的重要原因
多种病原混合感染与免疫抑制，导致机体免疫力低下；滥用抗生素与多重耐药性菌株的出现等，致使外源的常在菌侵进机体，内源的常在菌发生内源性感染，导致临床上常见副猪嗜血杆菌、链球菌、喘气病支原体、多杀性巴氏杆菌、放线菌、附红细胞体、大肠杆菌以及弓形虫等继发感染，使病情加重，发病率与死亡率增高，造成重大的经济损失。
6、病症非典型化，隐性感染、持续性感染病例增多
外界环境的改变，滥用抗生素、高度免疫、免疫水平高低不一等，可造成病原体发生改变，出现新的毒株或血清型，使疫病不断的出现非典型化，如低毒力的猪瘟病毒可引起非典型猪瘟，症状不典型。多杀性巴氏杆菌引发的猪肺疫也出现了“温顺型”猪肺疫，血清型也在发生改变。这些非典型的病例，由于没有特征性的临床症状和病理变化，给诊断带来困难，易发生误诊，影响防控效果，造成不必要的经济损失。
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