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地方流行性TGE是非常难以控制和预防的，目前TGE商品苗在野外应用的效果并不是很理想。据报告，有些兽医人员采用从早期感染猪得到的同源活病毒可获得较好的结果。这种病毒取自吃初乳前被感染的新生仔猪。将小肠经过离析结冻，在母猪产仔前3周给予接种Halterman和Harris分别报道，给整个猪群口腔接种一次活的有致病力的病毒可在猪群内消除TGE的持续流行。南斯拉夫也报道获得同样的消除TGE的结果。有些兽医人员报告在母猪产仔后3～5天注射TGE商品苗仅获得有限的成功。
轮状病毒疫苗在预防轮状病毒腹泻方面还不完全满意。Bohl和Saif已报道轮状病毒毒株之间抗原性不一样，异源血清型之间没有交叉保护。
对已出现临床症状的球虫病作治疗没有什么价值。在预计要发生腹泻前3～4天给仔猪服用球虫药物一般可产生效果。兽医人员也报道了使用球虫药混合剂包括氨丙嘧吡啶(Amprolium)、癸氧喹酯(Decoquinate)和磺胺(Sulfas)取得各种各样的结果，这些药物目前在美国还没有被批准用于猪。
控制球虫病的中心应围绕着怀孕与产仔设施的卫生和产仔前对母猪的治疗。基本的前提是防止新生仔猪吃入虫卵。猪等孢球虫的接触来源还没有鉴定清楚。试图从产仔室地板削下来的碎屑中找到虫卵没有成功。研究人员发现母猪很少排出猪等孢球虫虫卵，若在猪粪中检出虫卵，一般都是艾美尔球虫的成员。
为了减少母猪产生虫卵，预防幼猪可能感染，在母猪产仔前2周和产仔后2周内，在饲料中添加球虫药物。给母猪服用球虫药物后，对仔猪腹泻的预防效果无法预测。氨丙嘧吡啶、癸氧喹酯或莫能菌素(Monensin)是一些最常使用的药物，但是还没有被批准。需要了解药物使用后兽医人员与病畜之间的适当关系。
在产仔前4～6周给母猪服用金霉素、磺胺甲基嘧啶、青霉素结合剂对控制球虫病已证明是有帮助的。如果磺胺甲基嘧啶给母猪服用，育成猪的尿液应当作磺胺甲基嘧啶检查，以免饲料在生产和运输系统中发生交叉污染。
对于大多数猪场来说，控制球虫病的根本办法是实施严格的卫生措施并同时控制伴随的感染。对于某些猪场来说，采用金属网作为产仔房的地板可能是有效控制球虫病的唯一方法。但是如果养猪生产人员放入产仔箱内的母猪身体比较脏，或者生产人员在猪栏之间活动穿了污染的靴子，那么即使采用了金属网地板也不会有效，有些兽医人员有时因为违反了卫生措施而感到后悔。
对产气荚膜梭菌慢性感染的仔猪进行治疗是没有用的。但是用C型产气荚膜梭菌疫苗给母猪免疫可预防这种感染。在有些猪场产仔前给母猪接种杆菌肽或弗吉尼亚霉素也可预防这种感染。治疗兰氏类园线虫感染可在5日龄和10日龄服用两次噻苯咪唑(Thiabendazole)。产仔前所有的母猪用苯硫咪唑或依弗菌素治疗，将所有种猪群和仔猪饲养在排水良好地面干燥的猪舍内可防止活的幼虫存在和散布。
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