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灭活疫苗抗原是完整的病毒颗粒，具有充分的B细胞位点和T细胞位点。流行口蹄疫病毒毒株微小的变异对疫苗效果不会产生颠覆性的影响。由于灭活疫苗采用双相佐剂，产生免疫应答也较快。其缺点在于过敏反应难以完全克服。
合成肽疫苗只有单一抗原位点的多肽（仅有41个氨基酸），对特定毒株具有较强的免疫力，但流行毒株微小的变异对其影响较大。由于采用单相油佐剂，免疫应答较慢。由于合成肽不存在异体蛋白，几乎不产生过敏反应。
综合两者的特点，采用两者交互免疫可以取长补断。由于两者之间抗原共性比例较大，交互免疫可以起到相互加强的作用。由于两者间仍存在差异，利于抗原的相互补充，同时减少了各自的抗体对另一方疫苗抗原的封闭而造成的干扰现象。 | 类 型 | 合成肽疫苗 | 灭活疫苗（进口佐剂） | | 免疫类型 | 体液免疫、细胞免疫 | 体液免疫、细胞免疫 | | 剂 型 | 油包水型（W/O） | 水包油包水型（W/O/W） | | 免疫机制 | 同灭活疫苗 | 灭活疫苗 | | 免疫持续期 | 抗体水平维持至少6个月 | 抗体水平维持2～6个月 | | 不良反应 | 无不良反应 | 发热、过敏反应、流产甚至死亡 | | 生物安全隐患 | 无 | 存在灭活不完全隐患 | | 免疫剂量 | 1ml | 2~3ml | | 灭活剂 | 不使用 | 二乙烯亚胺（BEI） | | 稳定性 | 保存期内免疫效力不降低 | 保存期内免疫效力可能降低 | | 佐 剂 | 法国SEPPIC Montanide ISA 50V | 法国SEPPIC Montanide ISA 206 | | 抗原成份 | 纯净的特异性多肽 | 灭活的病毒146S粒子 | | 抗原含量 | 25μg/头份 | 1.5μg/头份左右 | | 疫苗纯净度 | 纯净 | 含细胞碎片、变性蛋白、非结构蛋白等杂质 | | 温度敏感性 | 2～8℃保存，疫苗免疫效力受温度变化影响相对较小 | 2～8℃保存，疫苗免疫效力受温度变化影响相对较大 | | 生产方法 | 固相合成法 | 细胞培养 | | 鉴别诊断 | 可鉴别野毒与疫苗产生抗体，通过检测血清能判定动物是否发生感染 | 鉴别困难，不能通过检测血清来判定是否发生感染 |
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