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自2004年我国暴发高致病性禽流感以来，重大动物疫情应急管理工作被提到议事日程，各地区重大动物疫情应急管理工作卓有成效，重大动物疫情形势逐年趋于稳定，但各地区在重大动物疫情处置实践中仍存在一定的问题。
1 主要问题
1.1 责任不清，主体不明 各地《突发重大动物疫情应急预案》明确了应急指挥机构的组成与职责，疫情处置涉及财政、公安、交通、畜牧、林业、卫生、环保、工商等多个部门，但是实际处置中基本上只有畜牧部门和乡镇政府部门参与。应急指挥部处于空壳化状态，指挥部指挥长通常由政府分管领导担任，无法做到常指导、常检查、常督促，难以实现及时协调、就近指挥和快速反应。指挥部办公室通常设在农业、畜牧部门，通常由兽医行政主管部门人员兼任，不能做好应急管理工作。
1.2 重大动物疫情知识普及、宣传不到位 自1994年我国对动物疫情实行公开报告制度以来，各地对于重大动物疫情的宣传工作仍不到位，许多养殖业主仍不能及时判断疫情，以致许多养殖场发生重大动物疫情后，并未及时报告、扑杀。
1.3 疫情报告不及时 由于补偿机制不合理，许多养殖户不愿报告疫情，而是将畜禽偷偷贩卖。有的对疫情抱有侥幸心理、持观望态度，寄希望于疫情自然消除，当疫情无法控制时才向上级报告。部分地区为申请扑杀补助，没有疫情谎报疫情或将普通疫情谎报为重大动物疫情。疫情报告应向当地动物卫生监督机构或动物疫病控制机构报告，再统一归口到重大动物疫病指挥部，层层上报，而许多地方通常只向兽医主管部门领导报告。
1.4 扑杀不合理 在扑杀过程中容易出现两种极端：领导不重视，财政较弱的地区容易缩小扑杀范围，仅对发病动物进行扑杀，从而错过疫情最佳处理时机，导致疫情蔓延。而部分地区为求安全、防扩散，宁可多杀、不愿少杀，宁可错杀、不愿漏杀，最后所有损失都由国家和养殖户买单，导致资源的浪费。
1.5 无害化处理难以进行 无害化处理无专门场所，分布不规范，将染疫动物运送至指定场所处理，既耗时又费力，多数采取就地火烧、土埋的传统方式处理，但很难确保无害化处理彻底。随着防疫和环保意识的增强，人们特别是养殖户不同意将病死畜禽及其同群畜禽的无害化处理场所选在自己的生产生活区域内，无害化处理选址成为实际工作中的难题。另外，进行无害化处理时，养殖户只注重动物本身的无害化处理，而忽视对被污染饲料、垫料、污水等的无害化处理。
1.6 消毒不严格 疫区消毒检查站对进出疫区的车辆、行人消毒不严，流于形式；消毒池宽度、深度未达到规定标准；消毒药的喷洒频率及浓度不够。
1.7 紧急流调流于形式 紧急流调往往流于形式，没有对疫情追踪溯源，无法根除疫源。流调过程中养殖户担心承担过错导致补偿降低，相关部门担心被追究责任，对于问卷调查不如实回答，使得流调结果不准确，无法追踪溯源。
1.8 不重视档案整理 没有专人从事疫情处置材料的收集、整理和归档工作，疫情处理完后，仅将疫情处置的总结性报告递交上级便完事，而该疫情的整个处置过程未能形成系统性档案。当再次发生疫情时，处置工作便不知如何开展。
1.9 应急演练匮乏 应急演练是检验应急处置能力的一个重要手段，对提高应急预备队伍的业务素质和快速反应能力具有不可小觑的作用。但是，由于各地领导不重视、资金匮乏、人力不足、技术水平低等因素，导致应急演练态度消极，不进行演练，或者应付了事。由于缺乏实际操作与锻炼，造成应急队伍临场处置经验缺乏，一旦突发重大动物疫情，难以作出快速反应和应急处置。
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