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2.1.2提供屏障作用
正常的肠道菌群共同占据肠粘膜表面形成一个生物学屏障，阻止致病菌、条件致病菌的定殖、入侵，对胃肠道起重要的保护作用。正常微生物区系可以降解胃肠道中的有害物质和促进粘膜层的发育，从而促进胃肠道健康。
2.1.3提高免疫功能
肠道微生物对免疫机能的影响有两个方面：一方面，肠道微生物可作为抗原引发局部和系统的特异性免疫反应；另一方面，肠道微生物对胃肠道粘膜相关淋巴组织（GALT）免疫细胞的数量和分布影响相当大，对免疫反应具重要调节作用。无菌鸡回盲部的淋巴结比普通鸡小4/5，体液免疫、细胞免疫功能均低于普通鸡。这说明正常微生物不仅能刺激机体免疫器官的发育，而且对增强机体特异性细胞和体液免疫是不可缺少的。
2.2竞争和有害作用
胃肠道微生物区系提供营养给动物的同时，也能与宿主竞争营养素或产生毒性代谢产物。例如，胃肠道微生物区系通过调整脂肪酶的活性或未结合的胆汁盐水平来影响脂类的消化作用，这样会限制脂质和脂溶性维生素的吸收，从而直接影响家禽的生产性能。这种影响在幼鸡上有可能显得特别明显（6周龄以下的鸡）。在幼鸡上，胆汁酸的合成和再吸收率比年长的鸡明显低。细菌产生的氨也会对肠上皮细胞产生毒性作用，同时粘蛋白的产生和分泌的增加也能反映出肠上皮细胞更新和粘蛋白降解的增强，而且细菌能粘附和降解粘蛋白，大多数细菌能诱导粘蛋白的基因表达和通过酶降低粘蛋白。
3、日粮对肠道微生物区系的调控
根据以前的报道，胃肠道的细菌群体对动物的生理会产生极大的影响。这些细菌种群会被几种途径调节，反过来，细菌菌群也可以影响动物肠道的生理和营养。肠道微生物区系一方面随年龄的不同而不同，另外日粮也影响家禽胃肠道微生物菌群的变化，而且不同日粮组成可调节微生物区系的组成。谷物类饲料不仅影响肠道中细菌数，而且影响到细菌的定居与繁殖。Apajalathi等（2003）用黑麦代替小麦饲喂雏鸡，结果发现链球菌和大肠杆菌数量显着增加，而乳酸杆菌数量显着降低。王金全等（2005）研究发现，小麦非淀粉多糖显着增加了回肠厌氧菌总数，其他菌类（乳酸菌、大肠杆菌、粪链球菌）只表现出增加趋势。乳糖可以降低盲肠中沙门氏菌数，可能是通过促进乳酸杆菌的增殖而抑制伤寒沙门氏菌的生长。臧素敏等（2005）发现在樱桃谷鸭日粮中添加甘露寡糖，盲肠乳酸杆菌数量显着增高，大肠杆菌和pH显着降低。这说明日粮中添加甘露寡糖后促进里乳酸杆菌的繁殖，抑制了大肠杆菌的繁殖，而乳酸杆菌活动的加强使其他挥发性脂肪酸的含量增加，形成了乳酸杆菌繁殖和物质吸收良好的微生态环境。除了日粮营养物质以外，许多非营养性添加剂，如抗生素、益生素、益生元、酸化剂、矿物质等，都可以调控家禽胃肠道微生物区系。
3.1抗生素
抗生素原称抗菌素，由微生物产生，在低浓度下具有抑制或杀死其它微生物的化学物质。向饲料中添加抗生素，当一定浓度（达到有效的药物抑菌浓度）的抗生素在肠道内存在，肠道内的细菌总数保持在合理的、可以被接受的范围内，因此肠道内的营养流失就少，肠道内的异常发酵发生率低，从而饲料效率得到提高，动物健康状况也就得到了保证。解释抗生素对动物生产性能的有益效应的主要前提是：①抑制或降低临床症状不明显的感染；②调节或减少微生物毒素产物；③减少动物和微生物对营养的竞争；④小肠绒毛的稀细加强营养素的吸收。但是抗生素的使用存在严重的残留问题，抗生素滥用会导致有害菌定殖增加，并产生耐药性。因此在饲料中长期添加低剂量的抗生素作为微生物区系调节剂已经不再受到欢迎。在欧洲，许多抗生素已经禁止在动物饲料中使用，所以需要寻求抗生素的替代品来调节微生物区系和维持动物肠道健康。
3.2益生素
益生素有助于胃肠道正常栖居菌的生长和定居，直接或间接影响其他微生物种群。人们对益生素已经研究多年，近来的研究主要集中于益生素对生长雏鸡的功效，但是实验结果却变化很大。这种差异有可能是由所选择的益生素的菌种不同和动物的饲养条件不同造成的。作为益生素的细菌必须满足以下几个条件：①对宿主动物有益，没有致病性，不产生毒素和诱变作用；②细菌必须能在胃酸里存活，且有抗胆汁酸的能力，然后定居在小肠内；③容易繁殖，在饲料加工和保存中不易失活。
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