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高温好氧堆肥集有机物和无机物、微生物及微量元素于一体，处理时间短，营养丰富，肥效持久，并且处理设备占地面积小，管理方便，生产成本低，生产过程不会对环境造成二次污染，有利于改良土壤等优点。但需要更进一步优化堆肥过程中的各种影响因素，因地制宜，因时调控，使堆肥效果达到最佳，进而提高堆肥的生产效率和产品质量。
2.3.3 蠕虫堆肥法
目前，利用蚯蚓等蠕虫堆腐畜禽粪便的研究较多。蠕虫堆肥法主要是将蚯蚓养殖与堆肥相结合，生产蚯蚓复合饲料，利用堆肥进行无公害蔬菜栽培等。虽然蚯蚓的品种繁多，但应用于有机废弃物堆肥处理的主要集中在正蚓科和巨蚓科的几个属种。其中赤子爱胜蚯蚓（Eisenia foetida）是应用最广的一种蚯蚓。
Tripathi等用表居型Eisenia foetida和深居型Lampito mauritii分别通过堆肥处理牛粪和厨房垃圾混合物，Eisenia foetida的性成熟周期短、产茧率高，无论在降低C/N还是矿化作用上都表现出一定的优越性。Kaushik等研究表明，如果添加适量的牛粪，蠕虫堆肥法将成为纺织厂污泥处理的一项替代技术。蚯蚓最理想的生长率和繁殖力配方为80%牛粪+20%纺织厂污泥或70%牛粪+30%纺织厂污泥。
Sangwan等报道了利用爱胜蚯蚓通过蠕虫堆肥技术将制糖工业废弃物滤泥（PM）与牛粪(CD)的混合物转变为蚯蚓堆肥的可行性研究。结果显示，在100%的牛粪中蚯蚓的生长率最大，但是有利于爱胜蚯蚓生长和繁殖的堆肥为PM:CD=1:1。然而在不同反应器中较大量的PM对蚯蚓的生长和繁殖力有很大的影响。蚯蚓堆肥导致堆肥中C含量的降低和N、P、Ca的含量升高。研究表明如果最多混合50%的牛粪，蚯蚓堆肥可以作为一种将滤泥转变为土壤肥料的处理技术。
王志凤等研究指出，施用蚯蚓堆肥处理与不施用对照比较，土壤中速效N、P、K分别增加15.68mg/kg、10.71mg/kg、24.30mg/kg。李辉信等研究指出，接种蚯蚓处理未腐熟牛粪比不接种蚯蚓的未腐熟牛粪或自然堆制的腐熟牛粪，显著增加了未腐熟牛粪中矿质N和速效P的含量，提高了碱性磷酸酶的活性，降低了微生物中C、N的含量和脲酶的活性。试验表明，畜禽粪便经蚯蚓、蝇蛆处理后再施用，能提高粪便的肥效，改良土壤结构，增加土壤透水性，防止土壤表面板结，提高土壤的保肥性。
蚯蚓堆肥技术被认为是一种“生态环境友好”型技术。它不仅能处理大量的有机废弃物，减少对周围环境的影响，而且可获得高效、稳定的有机肥料；同时蚯蚓富含蛋白质、氨基酸、脂肪酸等营养物质，可用于动物饲养；另外，蚯蚓具有积累重金属的作用，通过蚯蚓活动改变重金属形态、减少堆肥产物对环境的影响。但新鲜的有机废弃物来源广泛，成分复杂，常含有对蚯蚓生长不利的因素。因此，一般加入蚯蚓前必须对其进行预堆肥，以杀死大量病原菌和其他有害的微生物。同时堆肥过程中如果发生厌氧发酵时产生甲烷、CO等气体，对蚯蚓的存活率造成极大的威胁。如Deepanjan Majumdar等用蚯蚓堆肥处理制药厂污泥和菌渣，蚯蚓只能存活几十分钟，最长也只有200min左右。
2.4 牛粪生物质资源利用的其他方法
2.4.1 栽培食用菌
牛粪含有丰富的有机质和N、P、K等元素，加入一定的辅料堆制发酵后，可以栽培食用菌。在牛粪中加入含碳量较高的稻草或者秸秆调节C/N，再添加适当的无机肥料、石膏等，堆制后可作培养基栽培食用菌。食用菌不仅味道鲜美，而且富含麦角甾醇、维生素、甾体、多糖体等有机化合物，其中有些可以制成保健品、抗肿瘤药物。利用牛粪和秸秆栽培食用菌不仅使牛粪、玉米秸秆等废弃物无害化和资源化，还生产出具有较高营养价值和经济价值的食用菌，栽培后的培养料还可还田或者作饲料，从而使资源得到了多层次循环利用。
目前应用最广泛的是利用牛粪和农作物秸秆发酵料栽培双孢蘑菇。孙海清利用牛粪稻草按1:1混合进行堆肥发酵后生产双孢菇，每平方米可产菇12.5～15.0kg，纯利在100元/m2以上。梁枝荣等利用牛粪和玉米秸秆混合发酵栽培双孢蘑菇，堆肥发酵效果好，蘑菇产量高。李延彬等利用干牛粪和麦秸栽培双孢蘑菇，实践证明，栽培1m2的双孢蘑菇，可收入75元/m2左右。一亩双孢蘑菇大棚的收入是大田收入的10倍以上。且栽培方法比较简单，群众容易掌握。凌霞芬等利用经增温剂发酵熟化的牛粪与土的混合物作为双孢蘑菇的覆土材料，结果显示，熟化牛粪中的粪草粉部分与土以1:1.5的比例混合，能比对照细泥垄糠土增产5%左右。
除了双孢蘑菇之外，牛粪还应用在平菇，草菇等其他食用菌的栽培上，且均获得了良好效果。
2.4.2 制作纸浆
刘永钊等发明了一种以牛粪为原料制纸浆的方法。主要是以牛粪或牛粪与废纸混合为原料，充分利用牛粪中含有的大量纤维素，在不添加任何化学制剂的条件下就能够得到符合一定技术要求的纸浆，而且基本上不产生环境污染，水还可以循环利用，同时解决了牛粪的处理问题。
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