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（三）信贷资金缺乏
严格的管理农业政策性金融是按照政府的意图放款，政府对农业政策性金融的绩效评估依照政策性资金是否发放到政府规定的用途为标准，与贷款的质量无关。所以农业政策性金融的随意性较大，凡是在政府规定的业务范围内，农业政策性金融机构较少考虑经营风险和经营利润。但根据政府对农业政策性金融的定位，农村政策性金融机构还要考虑如何盈利的问题，这就需要其加强自身的内部管理，降低经营成本，同时建立信贷资金的风险预警体系和信用评级体系，从而增加信贷资金的回收率，降低经营风险。然而，随着农村政策性金融业务的扩大，风险管理手段不足、管理模式陈旧、员工观念落后等问题逐渐显现出来，呆账坏账增多，限制了农业政策性金融的发展。
（四）自身发展受外部环境掣肘
农业政策性金融尚不具有严格意义上的法人治理结构，因此公司治理的方式缺乏法律保障。中国虽然将农业政策性金融定位在独立法人的基础上，但是至今国家尚未出台任何有关政策性银行的法规。农业政策性金融的融资渠道、资金运用以及与其他法人的关系都缺乏完整的定义和描述。以农业发展银行为例，其资金来源以财政性资本为主，但是在财政性资本萎缩时，农业发展银行不能吸收居民存款，这就给农业发展银行扩大资金来源带来了困难；政府把农业发展银行的利润指标定在微利上，但是却要求农发行的资金运用向政策要求的方向倾斜，资金运用缺乏严格的管理；农业发展银行如果是严格意义上的独立法人，那么它就应该作为独立的市场主体和其他金融机构进行竞争，但是它又要承担财政资金应该承担的社会责任，农业发展银行既不能作为政府机构，也不能作为独立的市场主体与其他机构打交道。
政府只看重了农业政策性金融支农、惠农的政策性结果，却没有改善农业政策性金融的经营环境并指导其经营方式。农户和涉农企业信用体系的建立，本应该由政府出面协调所有金融机构共同参与，但是在这方面政府所做的工作显然不够。另外，既然要在确保政策性的同时考虑农业政策性金融的营利性，就要对农业政策性金融的经营方式加以干预，有盈利潜力的项目要督促其加强自身管理以谋求盈利，对没有赢利可能的领域和项目，政府应给予适量补贴。然而现实中，政府随意干预农业政策性金融的事情时有发生，农业政策性金融在商业化和财政性上进退两难。缺乏有效的监管体系使政策性金融监管和商业性金融监管混同，制约着农业政策性金融职能的发挥和自身的发展。
三、借鉴国际经验，完善中国农业政策性金融体系
（一）资金来源：纵观世界各国的农业政策性金融模式，政府对农业政策性金融的资金支持规模和本国的经济发达程度成反比，也就是说农业越发达的国家，农业政策性金融资金来源对政府的依赖越小，这是农业政策性金融随着经济发达程度不同而逐渐发展的规律。因为经济越不发达，金融抑制越严重存在，就越需要政策性金融的支持来加快金融深化的步伐；农业经济越发达，农业产业的资金来源就越广阔，政策性金融的作用就越小。
在法国，最大的农业政策性金融机构是于1920年成立的法国农业信贷银行，其资金来源主要靠吸收存款，政府只是在政策倾斜的领域给予财政补贴，但是法国政策性金融机构的活动已越来越商业化，资金也大都以商业化的形式获得。而在韩国，农业政策性金融机构的资金主要靠政府拨付的资本金，同时可以吸收部分存款来缓解短期内资金周转的问题。印度的农业政策性金融机构则是靠三级机构——中央政府、邦政府和主办银行认缴资本金来获取资金，同时可以发行债券，但不能吸收存款。
中国农村地区尚处于经济欠发达状况，农业对政策性金融的依赖较大，因此农业政策性金融急于进行商业化改革与其发展的规律相悖。农业政策性金融仍应该走由政府主导的道路，资金也应该主要靠政府拨付，同时发行债券作为补充（这也符合农业发展银行的现状）。然而中国农业政策性金融面临着资金来源和使用规模不一致的问题，这主要是因为随着农村经济的发展，对资金需求的规模在逐渐扩大，然而农业政策性金融的资金来源（财政支持和债券融资）已经不能够满足这种需要。由于农村经济发展而要求农业政策性金融转变经营模式已越来越迫切，如何解决资金来源问题已经成为农业政策性金融发展的当务之急。
在资金来源问题上，日本的做法很值得借鉴，日本的政策性金融机构也不直接吸收存款，但是邮政储蓄在资金运用部的托管资金成了农业政策性金融机构的重要资金来源。中国邮政储蓄在2007年才开始有贷款业务，其在农村吸收的大量存款中的大部分都存入了央行，这部分资金一直是央行的一大负担。借鉴日本的经验，不妨作这样一个大胆的设想，把邮政储蓄在农村中吸收的大量存款当作农业政策性金融机构的资金来源，再用于农村的经济建设当中，这样不仅解决了农业政策性金融机构的资金来源问题，同时也避免了邮政储蓄大量从农村吸收存款用到城市的“虹吸效应”，可谓一举两得。
（二）资金使用：美国的农业政策性金融机构主要是为了振兴农业而设立的，资金也主要用于为农民提供条件优惠的农业贷款，由于政府贴息，利率明显低于商业性金融机构的市场利率。法国农业政策性金融机构不仅向农民发放贷款，同时也对农村工业、基础设施、农产品开发等项目进行投资，从而改善农村环境，提高农业生产效率，为商业性金融机构进入农业领域做准备。韩国的农业合作社作为韩国的农业政策性金融机构不仅为农户提供政策性贷款，同时也为农户在商业金融机构的贷款提供担保，并提供农业经营保险以使农民的经营更有保障。
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