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当前肉仔鸡容易发生的疾病主要是病毒病（新城疫）、免疫抑制病（传染性法氏囊病）和细菌病（大肠杆菌病）等。如果是单一的细菌或病毒感染，死淘率均不会很高，但往往是大肠杆菌、支原体和新城疫或传染性支气管炎混合感染。如鸡只感染弱毒型禽流感后，因H9亚型禽流感病毒的受体主要是呼吸道，在呼吸道黏膜受损的前提下，很容易继发大肠杆菌病。混合感染后不仅加重了症状表现，还增加了诊断治疗疾病的难度。因此，应首先预防鸡群发生细菌感染，控制免疫抑制病，最后才能更快、更好地铲除病毒性疾病。
1、母源抗体因素
雏鸡在20日龄前是被动免疫，体内有母源抗体维持，感染传染病的几率较少，一般死淘率会控制在5%以内。在免疫新城疫疫苗时，如果首免用活苗，虽然会产生黏膜免疫抗体，起到屏障作用，但会中和母源抗体，使体内抗体降低2个滴度，且免疫一周后才能产生抗体。如果此时还有免疫抑制病存在，所产生的抗体水平持续较低，这样就更容易感染新城疫。
建议采取的措施为：首免时同时使用新城疫活苗和灭活苗，然后根据抗体水平，将新城疫疫苗第二次免疫调整到17、18日龄，并且每次免疫时使用免疫增强剂，这样不仅可以缩短抗体产生间隙，提高抗体水平，还能帮助油苗缓慢释放抗体。另外，尽量不使用引起呼吸道症状的疫苗，如选用肠道感染型的核酸制剂等。
2、免疫抑制因素
目前能导致鸡发生免疫抑制的因素有：传染性法氏囊病、马立克氏病、禽白血病、传染性贫血病、关节炎等传染病；还有卡那霉素、新霉素、四环素、氨基糖苷类等抗生素，另外霉菌毒素也能引起免疫抑制。霉菌毒素有蓄积性，能危害免疫系统，鸡70%的疾病与霉菌毒素中毒有关。
免疫抑制病的特点是：鸡群终身携带、有的还垂直感染、没有疫苗可以预防、容易早期感染。鸡群一旦感染免疫抑制病，虽然不发病，但对疫苗产生抗体有一定的影响，因此应在疫苗中补充细胞因子来提高抗体水平。
建议采取的措施为：尽量减少抗生素的使用，尤其慎用引起免疫抑制的抗生素。在饲料中加脱霉剂避免霉菌毒素的产生。免疫时及时补充细胞因子，尤其在免疫传染性法氏囊病疫苗免疫时必须加增强剂，可以缓解对法氏囊的危害，并促进免疫正常进行和提高抗体水平。否则产生免疫抑制后，鸡群对病原菌易感性增高，且毒力增强。
3、耐药性产生
以前养鸡业很难产生耐药性，鸡群对一种药产生耐药性大约需要3年的时间。现在3个月就能产生耐药性，尤其是大肠杆菌到第3天就可以产生耐药性。建议采取的措施为：
①改变免疫方式，实现先“清毒”再免疫，即在免疫之前先将鸡只肠道中的有害毒素清除。
②使用优质的微生态制剂，降低环境中病原微生物的数量和浓度。
③加强饲养管理，及时通风或在饲料中添加益生菌来减少环境中有害气体的浓度。
这样可以提高鸡群肠道黏膜免疫功能，尽量减少抗生素的使用，降低耐药性的产生。
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