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霉菌与毒素的污染会造成养殖场（户）经济利益的损失，养殖场（户）在饲养生猪过程中会遇到猪的应激、环境污染及猪生病，这些应激会导致猪免疫力低下，且由于霉菌毒素会伤害猪免疫系统，进而导致疫苗及药物无效。霉菌与毒素的污染会直接影响动物健康与饲养效益，目前在我国，霉菌毒素存在的问题比较严重，各类霉菌毒素的检出严重超出标准比率。
一般认为，饲料长霉只会在很差的储存条件下才会产生。其实在饲料原料生长、收获、加工、运输、储藏过程都可能会染上霉菌。而霉菌毒素是霉菌生长的代谢产物，故饲料含有低量霉菌并不表示不含霉菌毒素，因为很多毒素在饲料原料经过蒸煮或打粒等过程后还是存在，所以霉菌毒素存在的问题是很难避免的。饲料中霉菌的污染除了用专业仪器分析以外，可简易地由以下的变化得知：包含有饲料谷物粉化及结块、饲料有轻度异味并发热、色泽变暗及偶尔畜禽拒食。霉菌的生长除了会产生霉菌毒素，还会造成维生素、氨基酸及能量等饲料中营养的损耗。除了这些对饲料及营养负面的影响以外，也对猪健康及产能造成影响。
目前已知的霉菌毒素种类约有300多种，其中对猪健康及产能危害较大的包括黄曲毒素、赭曲毒素、玉米赤霉酰酮及新月毒素群。毒素对猪健康产能的影响有以下几方面。
霉菌毒素攻击消化道
当霉菌毒素（新月毒素群T2，呕吐毒素DON）进入猪肠道后会刺激肠道黏膜引起发炎，并发生类似紧迫反应的症状：食用呕吐毒素后40分钟就会产生下痢或呕吐等现象，在仔猪时期对产能的影响很大，例如一些仔猪出生以后出现的早发型下痢问题；其诱发的紧迫反应后续导致的生理现象：肝功能下降、肾脏负担大、表皮组织受损、对其他毒素耐抗性下降、胃酸分泌增加、表皮细胞受损、呕吐、胃肠免疫保护下降、诱发消化道感染症、霉菌毒素再次攻击消化道(新月毒素群T2，呕吐毒素DON)，仔猪在初期需要营养及母猪初乳免疫的转移，但在这时期的下痢、吸收不良及厌食对仔猪造成的伤害及后续产能的影响是很大的。
霉菌毒素攻击肝脏
肝脏内有许多分解酶，能将汇集肝脏中的霉菌毒素破坏或分解成毒性小或较易排出体外的水溶性物质，达到解毒的目的。但高量的霉菌毒素对肝脏是一种负担，且霉菌毒素(黄曲毒素AFL、呕吐毒素DON)主要攻击肝细胞的线粒体，导致肝细胞静止死亡；脂肪堆积形成脂肪肝，肝硬化导致肝衰竭。当肝功能下降时则会引发全面的生理问题：消化酶合成减少、食欲减退、饲料效率差、产能低下、影响血液代谢活力下降、黄疸、内脏出血；血浆蛋白形成减少，导致药效差、组织水肿、乳房水肿；当肝脏解毒功能差时合成分解毒素的酵素也减少，导致对药物的毒性残余物质不容易分解代谢掉，因此药物对肝肾的伤害加剧，进而导致肝中毒、细胞的修补能力下降、疾病愈后差、疫病不断、尿酸合成增加、环境氨气浓度增加。
攻击肾脏细胞及近曲小管
霉菌毒素(赭曲毒素OTA)会抑制尿酸排出，因此导致尿酸盐沉浊、肾肿大、肾纤维化及其他毒物无法排出，使毒素毒性增加，药物副作用又再次加大。
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