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口蹄疫血清型的进一步划分较为复杂多样，如A型口蹄疫病毒流行较为广泛，是仅次于O型口蹄疫的世界主要流行毒株。其由于流行年代久、分布范围广已经衍化出二三十个血清型，国际上根据FMDV的主要抗原VP1基因的系统发生树将A型口蹄疫病毒划分为三个主要的地域分明的拓扑型，即欧洲-南美型(Euro-SA)、亚洲型(Asia)和非洲型(Africa)。根据VP1基因核苷酸序列同源性，国际上将O型FMDV分为Euro-SA,ME-SA,SEA,Cathy,WA,EA,ISA-1和ISA-2共8种拓扑型。A型、O型、C型又称欧洲型，SAT型(南非)I型、SAT(南非)Ⅱ型，SAT(南非)Ⅲ型又称非洲型，Asia(亚洲)I型又称亚洲型。
以整个病毒RNA为对象，进行序列同源性测定，可将7个血清型分为两群，其中A型、O型、C型和AsiaI型为一群，SATI型、SATⅡ型，SATⅢ型为一群，两群之间的血清型同源性仅为25%～40%，群内同源性可达60%～70%。
A型与O型间的同源性为80%左右，血清型间无交*免疫保护。
三、注意尽早开展疫苗技术储备，做到有病早防
目前，口蹄疫多种血清型病毒以及O型口蹄疫变异病毒同时存在，以及我国国内部分地区先后发生缅甸98谱系病毒引发的生猪O型口蹄疫疫情，大范围暴发流行的风险进一步加大，使得口蹄疫的防控形势极为严峻，防控任务十分艰巨。因此，加强口蹄疫流行病学监测，尽早建立制苗毒株储备，将对有效防控口蹄疫提供有力保证。
口蹄疫疫苗的研制是一个复杂的过程，一般包括：a、种毒筛选：VP1序列分析、r值测定;对大家畜及乳鼠的毒力、毒价测定;在组织培养细胞上的繁殖特性——病变时间、毒价、140S病毒颗粒产量等;免疫原性分析和抗原广普性分析——同源毒与异源毒动物保护实验。b、病毒培养、收获、纯化、毒价、灭活、乳化技术标准。c、保存条件、保存期、免疫剂量、免疫程序。d、疫苗安全性、免疫保护效力检验标准。e、在控制区定点释放。f、中试、推广。
国际通行的疫苗毒种筛选原则是：一是抗原谱对号，可对当前流行毒有效保护;二是免疫原性强，可诱导动物产生足够的免疫力;三是生产性能好，指收毒时间、产毒量和病毒稳定性等，可用于工业化生产。
从流行毒中筛选新的疫苗种毒是最常见和最能快速见效的一种方法，直接解决了三个问题中的一个，即抗原谱对号问题。但对于另外两个问题，免疫原性和生产性能问题，仍需要通过试验来明确。现实的情况是，并不是每个流行毒都能驯化成为理想的疫苗种毒，往往是免疫原性或生产性能不符合要求。
实际情况是，不一定用流行毒株制造疫苗，应经过综合分析和试验，选用疫苗毒株。虽然不是流行毒株，但在遗传关系上与流行毒株同源性较近，只要能抵抗流行毒的攻击，作为疫苗毒株也是可行的。例如在南美洲的某些国家和地区，只允许选用由泛美口蹄疫中心推荐的疫苗毒株，如OL Leampos已经成功应用了几十年。
四、加强诊断、监测，防范病毒的变异和跨种间感染
近年来，牛羊O型口蹄疫趋于平静，猪O型口蹄疫更加严重，据农业部通报，2010年2月22日，广东省广州市白云区发生1起生猪口蹄疫疫情。28日，国家口蹄疫参考实验室确诊为缅甸98毒株猪O型口蹄，从此，国内生猪O型口蹄疫疫情更加复杂。
口蹄疫可在不同种动物间互相传染，《2010年国家动物疫病强制免疫计划》的通知要求对所有猪进行O型口蹄疫强制免疫;对所有牛、羊、骆驼、鹿进行O型和亚洲I型口蹄疫强制免疫;对所有奶牛和种公牛进行A型口蹄疫强制免疫;对广西、云南、西藏、新疆和新疆生产建设兵团边境地区的牛、羊进行A型口蹄疫强制免疫。然而，猪口蹄疫虽说主要流行的是O型，但应注意亚洲I型流行的病例，A型口蹄疫发病或带毒动物应注意奶牛，黄牛、水牛、猪、羊等。
五、注意免疫效果评价，整体推进免疫接种工作
在口蹄疫免疫接种工作中，防得住就是“硬道理”，能够发现疫病就是“真功夫”。目前，普通大众对口蹄疫防控知识仍然了解不够，加之我们行业内部缺乏完善的免疫效果评价体系，致使一旦发生疫情，我们的专业人员往往受到责备，政绩受到影响。
免疫接种工作涉及到行政与技术的配合、疫情状况、动物的饲养管理、动物的母源抗体水平、疫苗抗原的免疫性、疫苗抗原含量、免疫次数、接种动物的反应性等，因此，根据免疫效果，需要在实践中不断总结和完善。
六、注意冰箱等硬件配置，确保疫苗的运输与保存安全
疫苗应按使用说明书，在2℃～8℃的温度下全程冷链运输和保存，严防冻结。
要求包装完好，防止瓶体破裂，途中避免日光直射和高温，尽快入库或到达疫苗接种地。
疫苗入库应作好记录，使用时应采取“先入先用”的原则。
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