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首发地可能是美国
这次，已知最早的病例是在墨西哥的韦拉克鲁斯州发现的。爆发的源头是该州的拉格格里亚村，第一例病例出现在2月15日左右。
不过，英国帝国理工学院的尼尔-弗格森及其同事在《科学》杂志上撰文称，这一说法主要基于报道，而不是确凿的证据。基因分析表明，也许早在1月12日左右就有人感染了这种病毒。
香港大学的病毒学家加文?史密斯与来自美国和英国的流感专家一直对甲型H1N1流感病毒进行分析，以找出它演变的方式和时间。他们认为，病毒上一代共同的“祖先”，很可能6-11个月之前就已经出现了。
此次疫情虽然最先爆发在墨西哥，但郭元吉认为，新病毒首发地很可能是美国，而不是墨西哥。
他说，从历史上看，猪流感最初就发生在美国西部和北部的猪群中，20世纪70年代才通过猪种交换传入欧洲，此后又传到亚洲。中国大陆直到1991年才首次在猪群中分离到猪流感病毒。
猪流感不是世界动物卫生组织(OIE)规定报告的动物疫病，因此全球动物感染情况的分布尚不清楚。但WHO在公布的猪流感常见问答中也指出，猪流感被认为是美国的地方病。目前已知，北美洲和南美洲、欧洲(包括英国、瑞典和意大利)、非洲(肯尼亚)和东亚的部分国家(包括中国和日本)都曾发生过猪之间的猪流感爆发。
之前，人感染上猪流感病毒的病例也偶有发生。
最著名的例子是1976年美国新泽西州迪克斯堡新兵营中发生猪流感爆发，导致200多人感染，并造成一人死亡，但该猪流感病毒在大约一个月后销声匿迹。
自1976年以来，美国几乎每年均有猪流感病例，甚至还有死亡病例。郭元吉说，对美国一些宰猪场工作人员调查发现，至少20%的人含有猪流感病毒抗体。
美国疾病预防控制中心的负责人理查德-贝瑟似乎也认同这种观点。他对《今日美国》说，这次流感爆发似乎根源在美国和墨西哥，其他地区的大部分病例都是由于旅行传染。该中心报告说，大约90%的美国病例都是在美国本土发生的，与到墨西哥旅行无关。
环境促成病毒变异
尽管现在就下结论说病毒来自于猪可能还为时过早，但加强对猪流感的监控已刻不容缓。这次疫情“给人们敲响了警钟”，童光志说。
据联合国粮农组织的数据，近年来，全球猪只数量飙升，从30年前的不到7.5亿头增加到约10亿头。农业经济学家们认为，从长远看，随着发展中国家收入的提高、肉制品需求的加大，猪和其他家畜的数量还将继续增加。
猪肉是一种相对低廉的蛋白质来源。但与鸡和牛一样，猪也带来了卫生和环境方面的巨大挑战，尤其是在没有得到仔细监管的地区。
东亚南部一些地区一直被国外流感专家认为是流感病毒大流行株的发源地。其中一个很主要的原因就是：当地农村主要种稻米，农民需光脚下地，稻田又是鸭与猪经常出没的地方，而且农村居住拥挤，常常是人、猪和鸭同屋居住，这样易造成人和动物流感病毒间发生基因重配，形成新亚型毒株。
一般认为，流感病毒具有严格的宿主特异性，禽和人流感病毒间不易发生相互传播。但猪在流感病毒大流行株起源中起着重要的作用，它是人与禽流感病毒间发生基因重配的主要场所。
“因此，猪流感病毒的影响不仅在于其显而易见的兽医传染病学的意义，更在于其深远的公共卫生意义。”童光志说。
不同于禽流感，猪流感不在必须向国际当局通报的动物疾病范围之列，因为这是猪身上十分常见的疾病，历来被当作单纯的养殖业问题来对待。WHO食品安全学家昂巴雷说，通过这次疫情，WHO正在考虑对全球动物重大疾病监测体系进行修改，把猪流感纳入监测范围。
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